V roku 1349 ju opát Zoborského kláštora Tomáš spolu s kaplnkou svätého Klementa prepustil ostrihomskému arcibiskupovi, ale už v roku 1363 ju mal ako záloh istý Pavel, kastelán trenčianskeho hradu. Neskôr opäť patrila Zoborskému klaštoru. Keď Matej Korvín kláštor zrušil, roku 1494 sa stala majetkom Nitrianskeho biskupstva.

V období pred Vianocami v roku 1530 prenikli turecké vojská do dediny. Zachované historické záznamy hovoria, že po tomto krutom plienení zostalo v obci 35  vypalených a 16 zničených domov. Niektorí obyvatelia sa však podarilo uniknúť a skryť sa v hustom lese nad Močenokom ,ktorý siahal od dnešného Močenského hája až po Nitru . Bohužiaľ, tí, ktorí nemali šťastie, boli buď surovo zavraždení, alebo odvlečení do otroctva.

 O rok neskôr sa situácia opakovala. Velenie tureckého vojska sa dozvedelo o tom, že cisár vyhlásil insurekciu (všeobecnú mobilizáciu), a reagovalo na ňu tak, že armáda opustila hlavný tábor pri Ostrihome a vtrhla do Nitrianskej stolice. Povraždila mnoho obyvateľov a okolo 12 000 ľudí odvliekla do otroctva. Ulúpila veľa dobytka a iných zásob a vypálila takmer sto dedín. Obeťou jej zvole sa stal aj Močenok.

V listine, ktorú cisár poslal nitrianskemu biskupovi, sa píše: „…Vyslovili sme sa, aby sa na majetku Močenok, patriacom nitrianskemu biskupstvu, ktorý sa v nitrianskom komitáte nachádza, kvôli vode, ktorá najmä v dažďových časoch bez mosta sťažuje prechod, postavili potrebné mosty a do znovunadobudnutia vynaložených peňazí na stavbu, poplatky alebo mýto, podľa poriadku alebo zvyklostí v uvedenom nitrianskom komitáte a susedných komitátoch, sa od prechádzajúcich v budúcich časoch vyberali… 

Výstavba prvého kaštiela v Močenku sa začala približne v roku 1650. V tých časoch honosný kaštieľ, ktorý - vzhľadom na jeho účel - označovali ako kniežací. Obec sa nachádzala pri starej hradskej ceste z Viedne do Pešti, a preto sa tu údajne často zastavovali a oddychovali kniežatá, ba dokonca i panovníci.  Kaštieľ mal 24 izieb a zrejme išlo naozaj o veľmi prepychovú stavbu, pretože v ústnom podaní Močenčanov sa traduje, že aj válovy v maštaliach boli z mramoru.

Žiadosť o povolenie jarmokov podporil biskup Ladislav Maťašovský a na jeho prosbu cisár Leopold povolil jarmoky v tieto dni: v nedeľu pred sviatkom Obrátenia sv. Pavla (25. január), v nedeľu Leatare (4. pôstna nedeľa), na sv. Juraja, vojaka a mučeníka (24. apríla), na sviatok Rozoslania apoštolov (15. júla), na sviatok sv. Bartolomeja (24. augusta), na sviatok sv. Matúša (21. septembra) a na sviatok sv. Klimenta (23. novembra). 

Založenie Kostola Sv. kríža, respektíve jeho predchodkyne, v roku 1729 možno uviesť do súvisu s otvorením horného cintorína. Predstavuje barokové jednolodie s polygonálne ukončenou svätyňou na západe a zvonovou vežičkou nad štítom východného priečelia. Vnútorný priestor vrátane sakristie pri južnej stene presbytéria je zaklenutý pruskými klenbami.

Biskupský kaštieľ ako letné sídlo nechal postaviť nitriansky biskup Imrich Palugyay na mieste starého. Budovali ho v dvoch etapách. V rokoch 1840 – 1845 bola urobená prvá časť prác. Po ich ukončení bol kaštieľ obývateľný a mohol plniť aj svoju reprezentačnú úlohu. V revolučných rokoch 1848 – 1849 bol poškodený a definitívne ho dostavali v roku 1850.

Dňa 18. decembra 1887 sa v Močenok otvorila prvá pošta, čím sa zaznamenala významná udalosť v dejinách. Vtedy patril Močenok pod Rakúsko-Uhorskú monarchiu. Otvorenie pošty ovplyvnilo nielen rozvoj miesta, ale aj celého regiónu. Otvorenie pošty predstavovalo dôležitý míľnik, ktorý prispel k spoločenskému a ekonomickému rozvoju Močenku a umožnil lepšie komunikačné prepojenie s okolitými obcami a mestami.